To zależy jakie pliki modyfikowałeś. Szablony znajdują się w plikach modułów modules/..., natomiast po zmianie ich tam, trzeba uruchomić themeup w panelu <adres epesi>/admin. Podczas tej procedury zostaną one skopiowane do katalogu data/Base_Theme, skąd są czytane. Cache jest również w katalogu data/cache, skąd można go wyczyścić, ale akurat tamten cache nie powinien mieć wpływu na wygląd, tylko działanie.