Możesz usunąć wszystkie firmy oczywiście jeżeli powiązanie kontaktów nie istnieje. Nie gwarantuję poprawności działania, ale w najgorszym wypadku trzeba będzie wyczyścić jakieś tabele.
Proszę zrób backup i przeprowadź testowo operację i będziesz widział.
Alternatywa to export danych kontaktów, póżniej postawienie nowego Epesi i import tylko kontaktów.